自閉症類障礙兒童腸胃問題的原因是多樣的。多重研究揭示出許多自閉症兒童消化不良，吸收不好，腸內病菌過度生長（真菌，細菌和病毒），以及異常的腸漏。許多家長起先意識不到孩子的自閉症跟胃腸異常有什麼關聯。
更加不幸的是，許多醫生也還沒有認識到這種關聯。很多家長報告他們的孩子有便祕，腹瀉，有時交替出現，還有abnormal amount of gas， 打嗝，大便異味等。臨牀活組織切片檢查證明許多自閉症兒童患有一種自閉症特有的迴腸增生症狀。許多自閉症醫生和醫學研究者認爲自閉症孩子的慢性胃腸問題的一個首要原因是免疫系統損傷。但是這兩個系統彼此關聯太密切，所以幾乎不可能知道究竟哪一個是因，哪一個是果。
食物不容或者食物過敏，不能消化酪蛋白和奶蛋白，慢性酵母菌感染等都是免疫系統損傷（無論先天還是後天）引發胃腸疾病的徵兆。越來越多的證據支持外部影響對胃腸和免疫問題的觸發作用，這些外部影響包括含有重金屬的疫苗和反覆使用的抗生素，他們的殺傷力在本來就很病弱的孩子身上得到放大，無論這病弱性是暫時還是長期的，先天的還是後天的。
這些複雜情況（胃腸，免疫，感染，營養）的相互作用使得孩子的病史和疫苗紀錄很必要，而且家族病史變得尤其重要了。特別是，我們需要明確瞭解孩子是否有家族自免疫史，過敏和傳染病史。在第四章我將更加詳細地介紹我對測試的思路，測試的用途和費用，測試的順序等。
